Dada su orografía, su ubicación tan accidentada y su altitud media de 980 m.s.n.m., Cuetzalan presenta un clima muy singular (manifestada en tan solo el 5% de la superficie del planeta), el cual permite la formación de una gran variedad de vegetación clasificada como de bosque mesófilo de montaña, característica que sumada a sus ríos, cascadas de agua, cañadas, grutas y variada fauna, ofrecen al visitante un paisaje que es una delicia para los sentidos y una oportunidad única para el amante del ecoturismo y el turismo de aventura.

El clima predominante en Cuetzalan, es húmedo y semi-calido, con lluvias abundantes en verano y con muchos días de una densa neblina, carece de una estación seca bien definida, ya que todas las tormentas que azotan las costa del norte de Veracruz, alcanzan generalmente a éste municipio.

Estadísticamente, el número de días despejados al año es de 152, representando así el 41% y 104 días nublados con el 28% respectivamente.

La temperatura media anual es entre los 18° y 24°C