Época Prehispánica 

Se cree que los primeros asentamientos fueron totonacas en el año 200 aC. mismo que queda demostrado por las diez zonas arqueológicas que hay en la región. Los totonacas construyeron los principales centros ceremoniales que son: el Tajín, Yohualichan (la casa del misterio de la noche) y Xiutetelco, alcanzando su mayor explendor del siglo VI al IX. Según estudios, indican que esta zona de Cuetzalan fue un corredor o ruta de toda índole entre el altiplano y la costa. Del siglo IX al XI se sabe de la presencia de Toltecas en la zona, y de Chichimecas en el siglo XII.

Yohualichan, inicialmente se llamó Miquishuacan (lugar de la muerte), debido a que los totonacas celebraban cada tres años festividades, sacrificando a tres niños ofrendando sus corazones a su Dios Tloque-Nahuaque.

Con la construcción de las pirámides, lo Totonacas, enseñan el uso de la piedra en la arquitectura, en la alimentación: el uso del maíz, el cambio del frijol de árbol por el de mata, la raíz del chayote, el chile, el venado, los peces. En la indumentaria: se empezó a usar el quexquemil, la falda, la pluma en los tocados. En la cacería: el arco y la flecha, la lanza con puntas de obsidiana, la macana de madera dura etc. y con los Nahoas practicaban el trueque. 
Tiempo después y una vez recuperados los Totonacas, se rehizo el ejercito y partieron hacía Papantla para fundar el Tajín.(Trueno), con la misma cantidad de nichos pero de dimensiones mayores

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Época Colonial 

En el año 1522, arribaron los españoles y los frailes Franciscanos iniciando su evangelización. En 1531 quedó establecido en Tlatlauquitepec, el convento de Nuestra Señora de la Asunción.

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Época Independiente 

De un matrimonio de españoles, radicados en Cuetzalan a finales del siglo XVIII, nace Carlos García, primer Gobernador de Puebla. 
En la década de 1870, se introduce el café en la región, proveniente de Córdoba, Veracruz. y al mismo tiempo se da el afincamiento de dos empresas comercializadoras del grano (1898 y 1903). 
En 1905, se inaugura el Kiosco, ubicado en el parque municipal. 
El primer alumbrado publico mediante la construcción de una pequeña hidroeléctrica de Don José María Flores fue en 1950. 
Para conmemorar el centenario del inicio de independencia en 1910, se inaugura el reloj municipal, el cual se coloco con las adaptaciones respectivas en la torre de la parroquia que se había construido en el año 1790 y derruida en 1902. 
En el año de 1920, a iniciativa de Don José María Flores, se construye una brecha que une a Cuetzalan de Zacapoaxtla, camino que posteriormente es inaugurado por el Presidente de la Republica López Mateos en 1962.

Son ocho juntas auxiliares las que conforman la división política de Cuetzalan